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외계에서 귀중한 광물자원을 실어 나르는 우주 화물선 노스트로모 호(The Nostromo)는 승무원 6명과 광석 2000만톤을 싣고 지구로 귀환 중에 있다. 그러던 중 행성 LA-426주위에서 생명체의 발신파를 듣게 된다.

발신파의 진원지는 파괴된 우주선. 원인파악을 위해 3명의 승무원을 급파한다. 우주선은 오래전에 파괴되어 있었고 탑승 승무원모두 미이라로 변해 있었다. 사고 원인을 찾기 위해 우주선 살피다 조사반은 알 모양의 물체가 있는 산란실을 발견하고 궁금증을 갖게 된다.

이 궁금증을 풀기 위해 실험을 하던 케인이 물체에 충격을 가하는 순간 물체로부터 작은 생물이 튀어나와 마스크를 녹이고 케인의 얼굴에 달라 붙는다. 이들은 이 외계생물이 인간세포로부터 양분을 빨고 기생하는 가공할만한 번식력을 지닌 존재임을 알게 된다.

노스트로모로 돌아온 케인은 수술을 받게 되는데, 생물체를 칼로 찌르자 산성피가 쏟아져 나와 금속 바닥을 녹여버린다. 단순하게 제거될 줄 알았던 생명체는 케인의 몸 속에 새끼를 부화시켜 다시 케인의 몸을 뚫고 나온다. 이 때부터 승무원들과 에이리언의 생사를 건 싸움이 벌어지게 되는데......