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1964년, 미시시피주의 어느 마을에서 민권 운동가 세 명이 실종되는 사건이 일어난다. FBI 요원인 워드가 이 사건을 조사하게 되는데 그는 이곳의 보안관 출신인 앤더슨과 현지에 파견된다. 그러나 실종된 사람들은 이미 KKK단원들에게 살해된 후.

백인 우월주의가 팽패한 미시시피주의 보안관은 그 살인 내막을 알면서도 이들을 보호해준다. 조사하는 과정에서 지나치게 원칙주의자인 워드 반장은 어려움을 겪고 능청맞은 앤더슨은 주민과 보안관을 만나면서 그 범행이 펠 일당의 짓이라는 확신을 갖게된다. 하지만 문제는 증거가 없다는 점. 앤더슨와 워드는 이 증거를 찾기 위해 수사를 계속하는데..